2025-5-6

激情实习

5.12 在我们到达深圳、完成宿舍分配后，我们首先去参观了华大BGI，了解了华大的发展历程、取得的辉煌成就，以及各类测序仪器、芯片等，让我深刻地认识到基因技术对于国家人民的重要性——基因技术可以让人类探寻生命密码，并辅助各种疾病的治疗，同时也是中国能够引领世界生物科研必不可少的组成部分。老师还给我们讲述了华大创立过程中的诸多不易——上个世纪在测序技术刚被发明出来时，国内在这片领域是一片空白，我国有几位科学家挺身而出，从出重资购买国外测序仪开始，一点点积攒技术经验，制造出国内第一台测序仪，并在之后的十几年中完成了超越，最后拥有了领先世界的测序技术。近些年来，华大在生物、医疗等领域的研究越来越多，在20年的疫情中也发挥了关键作用，更加深了我对华大科研人员的敬佩之情。除此之外，老师还介绍了华大的企业文化——学习好、工作好、身体化，每周的周一被设为“无电梯日”，鼓励员工走楼梯上楼以达到锻炼身体的目的，企业大楼内诸多的健身器材和良好的绿化也体现出了华大对员工的人文关怀

5.13

早上来到会议室等待我们课题组的老师把我们领到工位，我们选择的课题是靶向肠道菌群的噬菌体及其衍生物研究，我们和另一个也是研究噬菌体的组被带到了同一个研究组。我们组指导老师先带我们认识了负责带我们的学长，讲了实习的主要内容和目标：提取并富集出靶向人类肠道中一种会导致肥胖的厌氧菌——Dorea longicatena菌，简称DL菌；一般有两种方法杀死DL菌——一种是寻找靶向DL菌的烈性噬菌体，另一种是挖掘靶向DL菌的噬菌体裂解蛋白，我们组主要采取的是第一种方法，具体来说是从污水中进行富集，之后通过接种到含DL菌的培养皿上进行筛选；并给我们布置了阅读文献的任务。之后，在学长的带领下，我们参观了实验室的各种仪器，例如厌氧培养箱、超净工作台、摇床、高压高温灭菌锅等等，其中特别还详细介绍了厌氧培养箱的操作方法。最后学长带我们进行了一些实验前的准备工作，比如配置培养基、高温高压灭菌、将培养基分装入培养管、接种菌种、摇床培养等，并介绍了一些实验流程、原理和注意事项，使我对近期要做的工作有了一个初步了解

5.14

上午学长带我们把昨天晚上放入培养箱的菌液取出2ml，转入含50ml培养液的锥形瓶中继续培养。2小时后，通过测定吸光度计算菌液浓度，但浓度没达到要求，推测原因可能是需要合成的蛋白长度较长，于是1小时后再次进行测定，这时浓度终于达到了要求。加入一些试剂后继续培养了4个小时，离心去上清，加入缓冲液吹打均匀，又加入DNA酶和RNA酶，再次离心取上清液，这就是表达出的蛋白，之后学长又将蛋白滴到含细菌的平板上检测是否有裂解功能（因为这步操作复杂且易污染，所以没让我们自己做）。最后将蛋白冷冻保存，至此，我们完成了“裂解蛋白的表达”这个实验。通过这两天的实验，我对我们组这个噬菌体实验室有了一个大概的了解，主要注意点就是无菌与厌氧，比如进入超净工作台前要用酒精喷洒手套、用完超净工作台后要开紫外线灭菌、厌氧菌要严格在厌氧箱内培养、将物品送入厌氧箱时要进行一套复杂的抽气放气工作（以除去氧气）等

5.15

上午我们继续阅读文献的任务，我负责两篇文献的整理总结，一篇是较简单的综述性文章，另一篇是比较复杂的综合性文章，我在昨天和前天已经将综述总结完成，今天开始阅读较难的这一篇，主要采用AI工具总结（Deepseek、Kimi等）与原文对照阅读的方法，这样能比较快的理解文章的主要内容、方法思路和结论，之后再根据原文进行细节上的补充，并对一些常见但不太了解的专业词汇进行查询，最后也是理清了文章的大致思路和结论。下午是做实验，今天主要进行污水处理的工作，我们挑选了4种污水，分别是来自医院、养鸡场的污水、生活污水以及牛瘤胃中的提取液，首先使用移液管取出一定量的污水，之后进行离心以沉淀杂质，之后将上清液过滤，使用一种特殊的滤膜（阻止细菌穿过，只允许比细菌小的病毒通过）。其中牛瘤胃提取液比较难过滤，需要分装入小管后再次离心，可能是因为其中含有较多的大分子（如纤维等）。晚上继续阅读文献并制作PPT，以准备明天的小组汇报

5.16

因为我们计划做的实验必须在厌氧环境下进行，需要气瓶，但负责送气瓶的公司不知因为什么原因没有按时送到，使得我们不得不改变原有的计划，因此上午我们没有去做实验，而是继续准备下午的文献汇报。我利用昨晚和上午的时间完成了PPT的制作，因为有现成模板，所以主要的工作量在于如何提炼文章的主要内容，以及在论文中找到相应的图片进行展示，我删去了实验的细节，只保留实验的主要目的和结果，并最后成功将文章内容进行了精简。 下午我们进行了文献汇报，因为我负责的两篇较简单，所以并没有花费很多时间，老师也没怎么提问，另外两篇比较复杂，老师在同学汇报时也对文章某个步骤的目的、图的含义进行了讨论，确实很有研究生开组会的感觉。之后也给我们提了一些建议，例如文章的Discussion（讨论）部分也要着重理解、PPT制作应尽量减少文字多放图等。 汇报结束后，学长给我们讲了“噬菌体组装评估注释”生信分析的流程，简单来说就是先通过组装得到多条结果，之后使用checkV打分，判断组装的序列是否是真实序列，选择最好的一条结果，最后进行注释——从基因组上预测CDS、把CDS翻译成氨基酸序列、根据氨基酸序列比对到已知功能序列上。又给我们在电脑和服务器上实操演示了一下，学习了checkV、blastp、hmmer、fastp、seqtk等软件包的使用，使我受益匪浅。最后把服务器的账号密码给了我们，并教了我们服务器的使用方法，让我们有空自己在服务器上跑一下这个流程

周末

5.19

上午学长先去换了气瓶，就是上周气体公司没有按计划送到的气瓶。因为气瓶很重很大，需要放在推车上使用双手推动，所以让我和另一位同学去帮他开路上需要打开的门，看来实验室除了需要做精细的操作，也需要干一些体力活。之后学长为我们演示了厌氧箱的操作过程，主要包括从厌氧箱取出物品和向厌氧箱内放入物品的方法——先把物品放入一个用于过渡的密闭区域，之后通过按按钮来操控吸走里面的气体并向里面注入不含氧的气体，如此反复三次，即可去除里面的空气，确保送入厌氧箱的物品（干燥硅胶珠、各种试剂、培养皿等）。今天主要就是将上周从污水中过滤的噬菌体接种到含有DL菌的液体培养基上，以检测我们的污水样本中是否含有能裂解DL菌的噬菌体。实验是在厌氧箱内进行的，虽然我们使用的是较简便的厌氧箱，但因为是将手伸入厌氧箱自带的手套中进行操作，还是有些不方便，好在我们的实验步骤不多，可以慢慢操作，最后也是成功完成了实验。今天也是第一次实操厌氧箱，让我学到了很多新知识

5.20

今天上午继续昨天的实验，主要是把DL菌接种到液体培养基内，就是昨天接种噬菌体使用的那种培养液，之后把昨天培养的噬菌体与DL菌离心后取上清液过滤。唯一可惜的是，我在过滤操作过程中，不慎将其中一支装有菌液的针管弄倒了，使得只剩下一点点菌液可以用，还好学长说影响不是很大（勉强还可以继续往下进行），分析一下主要的问题在于在将菌液从试管倒入针管后，我没有用左手扶住针管，虽然我之前做过一次，但确实还是不太熟练，下次再做这种需要精细操作的一定要谨慎再谨慎啊。 下午的实验流程和昨天一样，就是将昨天完成接种并过夜培养的培养液再次到含有DL菌的液体培养基上，这步操作叫做共培养，总共需要重复3次，昨天是第一次。实验操作的难点在于要先把试管盖子拧松到左手一只手就能拧开的程度（右手需要拿着移液枪），但关键是如何判断是否已经达到“左手一只手就能拧开的程度”，经过这两天的反复尝试，在经历“感觉很松但结果左手拧不开”的情况后，我发现最好的办法是先将盖子完全拧开再盖上，之后再拿移液枪扎枪头并用左手拿开盖子取液。经过这两天的实验，我也是初步掌握了共培养实验的操作步骤和一些技巧

5.21

今天的实验内容和昨天相同。在昨天发生失误的过滤步骤中，我先仔细观察了同组同学的操作，发现他们是保持左手食指和大拇指扶着针管，使用右手将针管塞拔出后 放入左手食指和中指间，之后再使用右手完成倒入菌液的操作，并且在将针管与滤膜组装好前，先把试管盖拧松到一只手能打开的程度，这样就可以很方便地使用右手一只手倒入菌液。学会这些要领后，我今天的操作就比昨天流畅标准了很多。 下午首先去配置了BHI培养液，这个比较简单，先是根据配料表加入对应量的固体成分，再倒入一定体积的水，之后再加液体成分，最后根据培养基的类型（是固体培养基还是液体培养基）决定是否加入琼脂，加完后使用高压高温灭菌锅灭菌即可。之后学长带我们把灭菌后的培养基拿了出来，并去厌氧箱中进行分装，因为这步操作比较复杂，所以就由学长一个人做然后我们观摩学习，主要介绍了分装的具体方法：对于固体培养基，要在其没凝固前倒入培养皿内，因为要保持无菌，所以不能打开培养皿盖让气体蒸发，只能盖盖子冷却；液体培养基就直接分装入50ml试管中即可。又解释了为什么培养液会变红：其中含一种指示剂，与氧结合时变红，在无氧环境下可逆反应解离恢复黄色，培养液中的硫化钠可以起除氧的作用 因为时间关系（中午接种的DL菌到我们下班时还没有长到对数期，无法接种），所以今天就没有做昨天的接种步骤，由学长在其它时间替我们完成

5.22

今天上午主要重复之前进行的离心过滤的操作，因为今天需要离心的试管很多，所以由我们几个人负责配平试管操作离心机，学长负责进行过滤，除此之外，我们还看到了一些离心后呈絮状的沉淀，学长说这是长链黏菌，过滤时要注意不能把沉淀倒入针管。之后学长又进行了PEG8000沉降噬菌体的实验。下午完善了汇报的PPT，再次回顾整个实习过程，主要是裂解蛋白表达的实验、靶向DL菌的噬菌体筛选实验，以及噬菌体基因组组装注释的上机，我主要负责的是上机的部分，根据代码和学长的指导总结了每步的意义作用，并自己找了一个用于展示基因组gbk文件的在线绘图网站，简单地展示了一下结果。之后把PPT给学长看了一下，根据学长的建议改了一些内容，很有意思的是，学长说他用的也是这个网站。最后本来下午还要进行接种操作的，但因为当时厌氧箱被占用，所以就没法由我们自己做了，应该还是由学长代替我们完成

5.23

昨晚华大负责实习的老师给我们开了总结会议，主要是祝贺同学们完成了实习任务，同时介绍了华大面向大四学生的创新班，以及推销了华大的生信培训班。第二天学长给我们看了这些天实验的培养结果，略有遗憾的是，接种的DL菌平板上没有噬菌斑，说明我们选用的污水中没有靶向DL菌的噬菌体，不过学长说这也是很正常的，能找到目标噬菌体才是小概率事件，毕竟他已经做了很长时间很多次了，实验的主要目的也是教我们操作和流程，结果倒没那么重要。下午学长和老师给我们签字打分，他们都是很友善很好说话的人，没多说什么就给我们打了个很高的分数，至此整个实习过程圆满结束。回顾这13天的实习生活，真的很感谢学长老师的指导，也要感谢学校和华大公司给了我们这样一个很难得的机会，相信在实习过程中学到的知识一定会用到以后的学习工作中

请你不要为我的枯萎而伤心 花儿的命运就是走向凋零 但我还会再次绽放 你问花开在哪里 当然是在你心中 愿你心花怒放，我们随时都能相见

科目	成绩	科目	成绩
微积分-上	95	微积分-下	92
线性代数	91	复变函数与积分变换	96
生物化学-上	92	生物化学-下	90
微生物学	92	分子生物学	92
组学数据分析和可视化	96	生物信息学	98
生物统计学	97	生物信息资源与实践	95
生物信息数据挖掘	97	数据结构与算法	93