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要读的论文

单细胞转录组(scRNA-seq):测序单个细胞的mRNA 空间转录组(Spatial Transcriptomics, ST):保留组织切片的空间位置,捕获区域内的mRNA。每个spot50-100个细胞(或者1-10个细胞),揭示基因表达的空间分布 单细胞空转数据:整合单细胞与空间数据,用单细胞数据注释空间Spot的细胞类型,同时获得“细胞异质性+空间位置”

  • 肿瘤细胞、免疫细胞、基质细胞在组织中的空间分布(免疫细胞是否浸润肿瘤核心)
  • 脑区不同区域的细胞类型特异性表达(阿尔茨海默病患者海马区的空间基因表达异常) 单细胞核RNA测序(snRNA-seq):测序细胞核中的mRNA,相比于scRNA-seq更适合处理冷冻样本或难以解离的组织。细胞核RNA中含有大量的非编码序列,内含子序列提高识别细胞类型的分辨率。单个细胞核已被证明可以提供足够的基因表达信息来定义成人大脑和小鼠海马区相对宽泛的细胞类别 内源性逆转录病毒(Endogenous Retroviruses, ERVs):整合到宿主基因组中并可稳定遗传的逆转录病毒——病毒基因组便会随宿主基因组代代遗传,逐渐成为宿主基因组的一部分,该过程反复发生,使其成为人类基因组中不可分割的组件(约占5%-8%)
  • 整合到宿主基因组后,大部分内源性病毒元件积累有害突变,在长期进化过程中逐渐片段化甚至丢失;一些病毒基因可能会对宿主产生有利的作用,因此会被宿主保留下来。在进化过程中,宿主可以驯化(Domestication)病毒基因使其参与宿主生物学功能(该过程被称为选配(Co-option)