暑假前文献阅读和计划安排

暑假前文献阅读和计划安排

文献阅读

Integrated multimodal cell atlas of Alzheimer’s disease

• 全球首个阿尔茨海默病多模态细胞图谱

Integrating human endogenous retroviruses into transcriptome-wide association studies highlights novel risk factors for major psychiatric conditions

• 如果HERV在一个基因内部（同义链），且基因本身也表达，则有可能是构成了这个基因转录本的一个Isoform; 如果该基因表达低、HERV在反义链、或HERV周围没有基因，则更可能是它自己的转录

Somatic cancer variants enriched in Alzheimer’s disease microglia-like cells drive inflammatory and proliferative states

• 这些microglia-like cells （小胶质样脑巨噬细胞）跟你在mic里看到的亚组有关嘛

stellarscope原文：A single-cell transposable element atlas of human cell identity

• 用hERV定义细胞类型

Single-cell eQTL mapping of human endogenous retroviruses reveals cell type-specific genetic regulation in autoimmune diseases

• 分析非常全面 可以效仿 就是生物学上差点意思

A retrotransposon caught red-handed in a curious case of missing digits

计划安排

• 沿着单细胞mRNA这条路，仿照那篇NC，把功能、疾病那块做做清楚：扩展多个数据集，下游分析有套路，结果意义中等
• 考虑hERV尤其是LTR作为enhancer、调控的角度去做与AD疾病的关系：新意、意义上更大一点
• 一起整合起来做也行

其它

人体ncRNA什么情况下会发生ployA加尾

ERV位点在基因组内的分布